A administração dos projetos de pesquisa desenvolvidos pelo IBPC são coordenados pelo Escritório Central estabelecido em São Paulo. Suas principais funções são:

> Preparação de submissões para autoridades locais, regionais e
   federais;
> Recrutamento e treinamento continuado da equipe médica dos Centros    de Pesquisa;
> Screening – recrutamento e acompanhamento do paciente em
   tempo real;
> Monitoramento e distribuição de medicamentos;
> Sistema integrado para aprovação e importação de drogas;
> Coleta e monitoramento de dados de pesquisa em tempo real;
> Elaboração de relatório final.

Os Centros de Pesquisa, juntamente com o IBPC, seguem modelo de gestão que prioriza:

> Padronização da metodologia científica;
> Fortalecimento individual dos Centros;
> Captação de recursos;
> Captação de estudos clínicos;
> Possibilidade de gerar estudos multicêntricos.